Новые университеты в Южном и Сибирском федеральных округах создаются в рамках приоритетного национального проекта на базе действующих вузов и академических центров в Ростове-на-Дону и Красноярске. Целью создания новых университетов является развитие системы высшего профессионального образования на основе оптимизации региональных образовательных структур и укрепления связей образовательных учреждений высшего образования с экономикой и социальной сферой федеральных округов.

В 2007 году за счёт средств федерального бюджета Сибирский и Южный федеральные университеты профинансированы в объёме 6 млрд. рублей. Всего же в 2007-2009 годах на создание новых федеральных университетов планируется выделить 13,4 млрд. рублей. Кроме того, помимо федерального финансирования в проектах предусматривается активное участие бизнеса и региональных властей.

Основные направления развития Южного и Сибирского федеральных университетов:

подготовка современных специалистов, бакалавров и магистров на базе реальной интеграции научного и образовательного процессов и использования всех методов современного высшего образования, включая дистанционное (on-line) обучение для сферы управления, экономики, образования, науки, культуры, тех технологических областей, которые входят в сферу национальных интересов;

создание условий для академической мобильности обучающихся, преподавателей и научных работников, интеграции университета в мировое образовательное пространство и достижение международного признания реализуемых в нем образовательных программ с целью экспорта образовательных услуг и технологий;

проведение фундаментальных и прикладных исследований по приоритетным научным направлениям, эффективное взаимодействовие с Российской академией наук;

развитие активного международного сотрудничества с университетами Европы, Азии и Америки, участие в международных образовательных и научных программах.

 Южный федеральный университет создан на базе Ростовского государственного университета путём присоединения Ростовской государственной академии архитектуры и искусства, Ростовского государственного педагогического университета и Таганрогского государственного радиотехнического университета. Сибирский федеральный университет создан на базе Красноярского государственного университета путём присоединения Красноярской государственной архитектурно-строительной академии, Красноярского государственного технического университета и Государственного университета цветных металлов и золота. Переименование и реорганизация этих образовательных учреждений были проведены в 2006 году.

Анализ ситуации на Юге России определил выбор пяти приоритетных областей научной и образовательной деятельности в развитии ЮФУ: наноматериалы, нанотехнологии, устройства и системы на их основе; биотехнология, технологии живых систем, экологическая безопасность; информационные и телекоммуникационные технологии, устройства и системы; морская, авиационная и ракетно-космическая техника, радиотехника, автоматика и управление; проектирование и дизайн изделий, архитектурной среды, землеустройство и кадастр; гуманитарные технологии и модели развития человеческого капитала и толерантных социо-экономических сообществ в полиэтническом регионе России.

Сибирским федеральным университетом выделены 6 приоритетных областей научной и образовательной деятельности (инженерная физика; химия новых материалов и материаловедение; биофизическая экология и биотехнология; космические и информационно-коммуникационные технологии; геотехнологии; региональная экономика и управление человеческим капиталом) и 13 укрупненных групп направлений и специальностей подготовки кадров, что обеспечивает научное и кадровое сопровождение основных направлений социально-экономического развития территории Сибири.

Такой подход тесно увязывает образовательные, научные и социально-экономические приоритеты и определяет портфельную стратегию СФУ, построенную на матричном принципе управления: реструктуризацию действующих институтов в новые факультеты с переходом на многоуровневую систему подготовки; создание института фундаментальной подготовки, центров коллективного пользования уникальными приборами и оборудованием, совместных с бизнесом ресурсных центров и центров компетенций, общеуниверситетских структур управления, а после 2010 года полномасштабный запуск технопарка СФУ, бизнес-инкубатора, Центра стратегических исследований стран Шанхайской организации сотрудничества, Исследовательского центра проблем человека.

Создание в рамках нацпроекта новых университетов позволит выработать модель перспективного российского университета для распространения на другие регионы. В этих университетах будут внедрены новые системы управления, а сами вузы будут являться интегрированными комплексами образования, науки и бизнеса, которые станут центрами инновационно-технологического развития и подготовки кадров международного уровня. Предполагается, что в течение 5-6 лет высшие учебные заведения новой модели войдут в число 10 ведущих вузов России, а к 2020 году - в число 100 лучших университетов мира.